Creó escuelas de Dibujo, de Matemáticas y Náutica. En 1806 durante las invasiones inglesas, se incorporó a las milicias criollas para defender la ciudad. A partir de entonces, compartirá su pasión por la política y la economía con una carrera militar que no lo entusiasmaba demasiado. Pensaba que podía ser más útil aplicando sus amplios conocimientos económicos y políticos.
El 25 mayo, Manuel Belgrano dictó su testamento en que declaró heredero a su hermano Domingo. Lo nombró patrono de las escuelas para cuya construcción había donado 40.000 pesos oro y le pidió que se encargara de la crianza, manutención y educación de su hija Manuela Mónica, a la que le había dejado en Tucumán una cuadra de terreno. El 3 de junio pasó su cumpleaños 50 en compañía de algunos amigos y sus hermanos Miguel, Domingo y Juana.
Antes de morir, Manuel Belgrano escribió su autobiografía -según confesó- no sólo para que fuera útil a sus paisanos, sino también para “ponerme a cubierto de la maledicencia”. Y es que no pocos enemigos se había ganado este criollo a lo largo de las luchas independentistas.